W 1502 roku na zaproszenie Pinturicchia Rafael przybył do Sieny. Tam przygotował dla Pinturicchia karton do dzieła Eneasz Sylwiusz Piccolomini wyrusza na sobór w Bazylei. Według Vasariego obaj pracowali nad zleconymi przez papieża Aleksandra VI Borgię freskami w bibliotece Piccolominich w Sienie. Freski przedstawiają sceny z życia papieża Piusa II. Pinturicchio był głównym autorem malowideł. Dokładny udział Rafaela w pracach pozostaje nieznany. Około 1502 roku Rafael odwiedził również Rzym oraz miasta w Toskanii i Umbrii. W 1502 roku Rafael otrzymał zlecenie na Koronację Madonny (Ołtarz Oddich) i predelli ze scenami Zwiastowanie, Pokłon Trzech Króli i Ofiarowanie Chrystusa w świątyni. Koronacja Madonny została ukończona ok. 1503 lub rok później. Kompozycja przedstawia koronację Matki Boskiej. W dziele dostrzegalne są wpływy malarstwa Perugina i Pinturricchia.