W 1825 roku przygotowano plan regulacyjny miasta, mający uporządkować zabudowę i sieć uliczną. Zrealizowano go jednak tylko częściowo, dzięki czemu Bieżuń zachował w dużym stopniu układ przestrzenny ukształtowany w czasach Andrzeja Zamoyskiego.

Mieszkańcy Bieżunia uczestniczyli w wydarzeniach powstania listopadowego i styczniowego, a przemarsze i kwaterunki wojsk powodowały straty materialne w mieście i dobrach bieżuńskich.

W 1865 roku Bieżuń liczył 2729 mieszkańców. Według zestawienia przytoczonego przez Józefa Barańskiego 1652 osoby stanowili Polacy (60,5%), 980 Żydzi (35,9%), a 97 Niemcy (3,6%). Struktura zawodowa poszczególnych grup była zróżnicowana: wśród ludności niemieckiej dużą rolę odgrywali sukiennicy, natomiast Żydzi byli silnie reprezentowani w handlu, rzemiośle, rzeźnictwie, piekarstwie i kuśnierstwie.

W ramach przeprowadzonej przez władze rosyjskie po powstaniu styczniowym reorganizacji sieci miejskiej Królestwa Polskiego Bieżuń został w 1869 roku pozbawiony praw miejskich.