Zakończyło to okres jego funkcjonowania w granicach województwa płockiego Rzeczypospolitej.
XIX wiek
W 1801 roku dobra bieżuńskie nabył książę Józef Poniatowski, który jednak już w 1803 roku sprzedał je Adamowi i Fortunatowi Zaleskim. Podczas kampanii 1806 roku w okolicy Bieżunia doszło do walk wojsk francuskich i pruskich. Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego miejscowość znalazła się w jego granicach, a po kongresie wiedeńskim w 1815 roku weszła w skład kongresowego Królestwa Polskiego.
Na początku XIX wieku Bieżuń był miastem wielowyznaniowym i wieloetnicznym. W 1808 roku mieszkało w nim 1085 osób, w tym 687 chrześcijan i 398 Żydów. W 1817 roku źródła wymieniały 775 Polaków, 343 Żydów i 176 Niemców. Obecność ludności niemieckiej była związana w znacznej mierze z rozwiniętym w poprzednim stuleciu osadnictwem rzemieślniczym i sukiennictwem.
W pierwszej połowie XIX wieku liczba ludności wzrastała: w 1822 roku wynosiła 1649 osób, w 1835 – 1995, a w połowie stulecia przekraczała 2200 mieszkańców. Bieżuń pozostawał jednak niewielkim ośrodkiem o przeważającej zabudowie drewnianej. W 1819 roku działały tu m.in. dwie farbiarnie, dwie kuźnie i niewielka gorzelnia.