W pierwszej połowie XVII wieku rozbudowana została rezydencja właścicieli miasta. Powstał zespół o charakterze palazzo in fortezza, otoczony systemem fortyfikacji ziemnych powiązanych z wodami Wkry i mokradłami. W 1634 roku Jędrzej Święcicki wymieniał Bieżuń wśród prywatnych „grodów magnackich” północnego Mazowsza.
Potop szwedzki w latach 1655–1660 doprowadził do zniszczenia miasta; ucierpiała zabudowa i gospodarka dóbr, natomiast obwarowania rezydencji częściowo uchroniły zespół dworski przed całkowitym zniszczeniem.
Ostatni z Kretkowskich posiadających Bieżuń, Andrzej Kretkowski, przekazał w 1696 roku dobra Tomaszowi Działyńskiemu, późniejszemu wojewodzie chełmińskiemu. Na początku XVIII wieku, w wyniku małżeństwa Anny Działyńskiej z Michałem Zdzisławem Zamoyskim, Bieżuń znalazł się w kręgu dóbr Zamoyskich. Po śmierci Tomasza Działyńskiego w 1714 roku małżonkowie objęli dobra bieżuńskie w posiadanie.
Działania wojenne pierwszej połowy XVIII wieku ponownie przyniosły miejscowości straty. Szczególnie dotkliwe były wydarzenia związane z wojną o sukcesję polską.