Z inicjatywy Zamoyskiego w latach 1766–1768 wzniesiono również murowany kościół parafialny Świętej Trójcy. Przygotowania do inwestycji rozpoczęły się co najmniej w 1764 roku, kiedy zgromadzono około 230 tys. cegieł. Świątynia była elementem szerszej przebudowy i modernizacji miasta.
W tym samym okresie rozwinęła się społeczność żydowska. Wizytacja z 1764 roku odnotowała w Bieżuniu 20 rodzin żydowskich, natomiast w 1776 roku było ich 26. W latach 70. XVIII wieku funkcjonowały już bóżnica i szkoła żydowska. Obok ludności katolickiej, żydowskiej i niewielkiej grupy niemieckich ewangelików w mieście mieszkali sprowadzani przez Zamoyskiego rzemieślnicy pochodzący z różnych części Rzeczypospolitej.
Bieżuń był również jednym z miejsc związanych z działalnością polityczną i reformatorską Andrzeja Zamoyskiego. Po powierzeniu mu przez sejm w 1776 roku przygotowania projektu kodyfikacji prawa, w jego dobrach przebywali współpracownicy uczestniczący w pracach nad późniejszym Kodeksem Zamoyskiego, m.in. Józef Wybicki.
W wyniku II rozbioru Rzeczypospolitej w 1793 roku Bieżuń znalazł się pod panowaniem pruskim.