W 1914 Winlock powrócił do Stanów Zjednoczonych, gdzie w Metropolitan Museum zajmował się opracowywaniem wykopalisk prowadzonych w Egipcie w minionych latach.
W czasie I wojny światowej został wcielony do armii amerykańskiej i w stopniu majora był członkiem kontyngentu amerykańskiego w Europie.
W 1919 roku powrócił do Egiptu, gdzie na przełomie 1919 i 1920 wznowiono prace w obrębie nekropolii tebańskich, w ramach koncesji przyznanej przez Gastona Maspero. W tym sezonie dokonano znaczącego odkrycia grobowca wezyra Meketre z czasów przełomu XI i XII dynastii. W latach 1920 - 1921 Winlock kierował pracami w obrębie świątyni Mentuhotepa II w Deir el-Bahari, odkrywając szereg grobowców kobiet z rodziny królewskiej. W 1921 roku, badając w Nowym Jorku, w siedzibie MMA przedmioty odnalezione przed 12 laty w Dolinie Królów i podarowane mu przez Davisa dla MMA, dokonał niezwykle ważnego odkrycia, wyciągając niezwykle istotne wnioski. Gliniane dzbany nosiły na sobie pieczęci Tutanchamona oraz Królewskiej Nekropoli, co stanowiło niezbity dowód na to, że Tutanchamon został pochowany w Dolinie.