Czeczeni wzięli zakładników i skierowali się następnie w kierunku szpitala miejskiego; po drodze weszli do szkoły medycznej, gdzie pojmali studentki medycyny. Wszystkich schwytanych w okolicy szpitala mieszkańców miasta bojownicy spędzali pod rosyjskim ostrzałem do szpitala.
Oblężenie szpitala W pierwszym etapie akcji zginęło 17 mieszkańców Budionnowska oraz co najmniej kilkunastu milicjantów i żołnierzy (kilku innych zostało schwytanych), natomiast Czeczeni stracili 8 osób i mieli 15-tu rannych (Basajew próbował później usprawiedliwić opanowanie szpitala potrzebą udzielenia pomocy rannym). Czeczeni z zakładnikami umieścili się w szpitalu, gdzie przedstawili swoje żądania, z których głównymi było zawieszenie broni i wycofanie wojsk rosyjskich z Czeczenii. Ogółem wziętych zostało ok. 1500-1800 zakładników (chociaż niektóre źródła mówią o ponad 2000, a nawet 2500) – kilkuset schwytanych w mieście, ok. 450 pracowników szpitala oraz ok. 500 pacjentów. W odpowiedzi, Rosjanie przywieźli do Budionnowska dużą grupę cywilnych więźniów czeczeńskich (w tym kobiet i dzieci) z nadzieją dokonania wymiany zakładników.