Możliwe było również zamontowanie dodatkowego 700 litrowego zbiornika paliwa w miejsce stanowiska strzeleckiego, a ponieważ uzbrojenie było przenoszone na zewnątrz samolotu, drugiego zbiornika o pojemności 650 litrów w komorze bombowej. Me 410 B-6 – wersja ciężkiego myśliwca zoptymalizowana do potrzeb ochrony wybrzeża i atakowania celów nawodnych i łodzi podwodnych wyposażona w radar FuG 200 Hohentwiel i uzbrojenie strzeleckie składające się z dwóch działek MK 103 kalibru 30 mm, dwóch działek MG 151/20 kalibru 20 mm i dwóch karabinów maszynowych MG 131 kalibru 13 mm. Me 410 B-7 – wersja eksperymentalna zbudowana w małej liczbie egzemplarzy jako dzienny samolot myśliwsko-rozpoznawczy. Me 410 B-8 – kolejna wersja testowa zbudowana w kilku egzemplarzach, przystosowana do roli nocnego myśliwca i nocnego samolotu rozpoznawczego zdolna do przenoszenia flar oświetlających w komorze bombowej. Me 410 C – planowana na początku 1944 roku wersja o lepszych osiągach i udźwigu uzbrojenia, wyposażona opcjonalnie w radar do spełniania zadań myśliwca nocnego. Zaprojektowano dwa typy nowych skrzydeł o zwiększonej rozpiętości 18,25 i 20,45 m, przewidując także zastosowanie nowych jednostek napędowych Daimler-Benz DB 603JZ, Junkers Jumo 213E/JZ lub BMW 801TJ napędzających nowe czterołopatowe śmigła.