Uzbrojenie strzeleckie stanowiły dwa działka MK 151/20 kalibru 20 mm i jedno działko BK 5 kalibru 50 mm z zapasem 21 sztuk amunicji (zbudowano około 300 egzemplarzy myśliwca z tym wariantem uzbrojenia). Me 410 B-2 + R2 – polowa modyfikacja polegająca na dodaniu dwóch działek MK 108 kalibru 30 mm. Me 410 B-2 + R3 – polowa modyfikacja polegająca na dodaniu dwóch działek MK 103 kalibru 30 mm. Me 410 B-2 + R4 – polowa modyfikacja polegająca na dodaniu dwóch działek MG 151/20 kalibru 20 mm. Me 410 B-2 + R5 – polowa modyfikacja polegająca na dodaniu czterech działek MG 151/20 kalibru 20 mm. Me 410 B-3 – samolot rozpoznawczy dalekiego zasięgu odpowiednik Me 410 A-3 i z takimi samymi przeróbkami kadłuba i komory bombowej. thumb|Me 410 Hornisse z działkiem BK 5 Me 410 B-5 – zbudowana w niewielkiej liczbie egzemplarzy wersja eksperymentalna samolotu torpedowego. Modyfikacja objęła usunięcie karabinów maszynowych MG 17 i dodanie radaru do obserwacji celów nawodnych FuG 200 Hohentweil. Samolot został również przystosowany do przenoszenia jednej torpedy LT F5b o masie 900 kg, jednej torpedy LT5i o masie 760 kg, jednej bomby SC-1800 o masie 1800 kg lub dwóch bomb-torped BT-400 o masie 400 kg każda, albo sześciu bomb-torped BT-200 o masie 200 kg każda (dwie pod kadłubem i po dwie pod skrzydłami).