A-4; Ju-9/Ju-88A-13: wersja A-4 przystosowana do wykonywania zadań szturmowych ze zwiększonym opancerzeniem, 16 karabinami maszynowymi strzelającymi do przodu oraz uzbrojona w bomby odłamkowe; Ju-88A-14: wersja rozwojowa modelu A-4 z wieloma niewielkimi zmianami, często wyposażona w działko kal. 20 mm służące do ostrzeliwania statków; Ju-88A-15: wersja trzymiejscowa z powiększoną drewnianą komorą bombową pozwalającą na zabranie 3000 kg bomb; Ju-88A-16: nieuzbrojona wersja A-4 z dwoma fotelami dla pilotów; Ju-88A-17: modyfikacja A-4 przystosowana do przenoszenia pod kadłubem dwóch torped lotniczych LT F5b oraz ze specjalną czołową osłoną pod nosem.
Seria Ju-88B Ju-88B-0: seria 10 samolotów rozpoznawczych, powiększona i wydłużona kabina, do napędu użyto różnych silników BMW, w rezultacie stworzono samolot Ju 188.
Seria Ju-88C thumb|Junkers Ju 88A-4 należący do Fińskich Sił Powietrznych Ju-88C-1: trzymiejscowy ciężki myśliwiec nocny bazujący na Ju-88A-1 z działkiem MG FF kal. 20 mm i trzema karabinami maszynowymi MG 17 kal.