7,92 mm strzelającymi do przodu; Ju-88C-2: jak wyżej, ale z pełnym, pozbawionym oszklenia nosem; Ju-88C-3: napędzany silnikami BMW 801, ale zostały one zarezerwowane dla Fw 190; Ju-88C-4: budowany od podstaw myśliwiec nocny (nie modyfikacja) bazujący na wersji A-4 z dwoma dodatkowymi działkami MG FF umieszczonymi w gondoli pod kadłubem i możliwością zamontowania do 12 karabinów maszynowych MG 81 w zasobnikach pod skrzydłami; Ju-88C-5: silniki BMW 801D2 o mocy 1298 kW każdy; Ju-88C-6: podstawowa wersja myśliwska napędzana silnikami Jumo 211J z różnymi wariantami uzbrojenia; Ju-88C-6b: wyposażony w radar i nową radiostację HF; Ju-88C-6c: wyposażony w radary SN-2 i wiele innych czujników, niektóre z turbodoładowanymi silnikami Jumo 211TK, późniejsze wersje z działkami strzelającymi do góry Schräge Musik; Ju-88C-7a: w przedniej komorze bombowej zamontowane dwa działka MG FF; Ju-88C-7b: odpowiednik C-7a, ale z podskrzydłowymi zaczepami bombowymi; Ju-88C-7c: silniki BMW i ciężkie karabiny maszynowe MG 151 w nosie.