Seria Ju-88D Ju-88D-0: czteromiejscowy samolot rozpoznawczy, silniki Jumo 211 B-1, duży aparat fotograficzny, bez zaczepów bombowych; Ju-88D-1: nie został skonstruowany; Ju-88D-2: napędzany silnikami Jumo 211B, 211G lub 211H, zewnętrzne zaczepy na bomby lub zbiorniki zapasowe; Ju-88D-3: wersja pustynna D-1; Ju-88D-4: wersja pustynna D-2; Ju-88D-5: standardowy układ trzech aparatów fotograficznych.
Seria Ju-88G thumb|Ju 88A w 1940 roku Ju-88G-1: myśliwiec nocny bazujący na Ju-88C-6c, ale z usterzeniem od Ju 188, silniki BMW 801D, cztery podkadłubowe karabiny maszynowe MG 151, radar SN-2 oraz inne czujniki, co znacznie zwiększało obciążenie dla załogi i z czasem doprowadziło do dodania czwartego lotnika; Ju-88G-1/3/5: nie zostały skonstruowane; Ju-88G-4: wprowadzone niewielkie zmiany; Ju-88G-6a: silniki BMW 801G, zazwyczaj radar SN-2 chroniący tylną półsferę i podobnie jak w G-1 i G-4 działka Schräge Musik; Ju-88G-6b: urządzenie FuG 350 Naxos Z umieszczane na dachu owiewki; Ju-88G-6c: silniki Jumo 213A o mocy 1306 kW, działka Schräge Musik przesunięto tuż za kabinę; Ju-88G-7: wzmocnione silniki Jumo 213E z bardzo szerokimi łopatami śmigieł; Ju-88G-7a: liczne anteny SN-2; Ju-88G-7b: radar SN-3 lub FuG 218 Neptun; Ju-88G-7c: radar działający w zakresie fal centymetrowych FuG 240 Berlin, prędkość 674 km/h.