Seria Ju-88H Ju-88H-1: trzymiejscowy samolot rozpoznawczy z przedłużonym kadłubem; Ju-88H-2: trzymiejscowy ciężki myśliwiec z sześcioma strzelającymi do przodu ciężkimi karabinami maszynowymi MG 151; Ju-88H-3: kadłub jeszcze bardziej przedłużony, silniki Jumo 213A-12, przeznaczony do wykonywania lotów rozpoznawczych bardzo dalekiego zasięgu; Ju-88H-4: jak H-3 plus duży radar obserwacyjny w nosie, dwa odrzucane zbiorniki paliwa, samolot w zespole Führungmaschine.
Seria Ju-88P thumb|Ju 88A nad Francją w 1942 roku Ju-88P-1: dwu- lub trzymiejscowy samolot bazujący na Ju-88 A-4, uzbrojony w działo PaK 40 kal. 75 mm, celowanie prowadził pilot za pomocą standardowego celownika MG 81, działka ładowane ręcznie z czterema strzałami przy każdym nalocie, przystosowany do niszczenia czołgów; Ju-88P-2: dwa działka Bordkanone 37 w dużej gondoli; Ju-88P-3: jak P-2, ale ze zwiększonym opancerzeniem; Ju-88P-4: pojedyncze działko BK 5.
Seria Ju-88S Ju-88S-0: silniki BMW 801D, pojedynczy ciężki karabin maszynowy kal.