W 1978 roku Barysznikow wstąpił do New York City Ballet (NYCB), głównie po to, aby pracować z George’em Balanchinem. Występował m.in. w Apollu, Synu marnotrawnym i Czterech temperamentach. W wywiadzie dla „Gazety Wyborczej” (czerwiec 2001) wspomniał: ...mój udział w spektaklach Balanchine’a nie wzbogacał ich. Ale wzbogacał mnieBartosz Kamiński „Uciekam, zanim zamienię się w kamień”, Magazyn nr 24, dodatek do Gazety Wyborczej nr 137, wydanie warszawskie z dnia 13.06.2001, s. 44..

Współpracując z NYCB, stworzył także role w dwóch nowych baletach Jerome’a Robbinsa: The Seasons i Opus 19.

W 1980 powrócił do American Ballet Theatre (ABT), gdzie objął posadę dyrektora artystycznego. Jego działalność na tym stanowisku spotykała się z mieszaną oceną. Wystawił m.in. Giselle (1980), Kopciuszka (1983) i Jezioro łabędzie (1988), z czego dwie ostatnie sztuki w krótkim czasie zostały zdjęte z afisza. Barysznikowa krytykowano za zbytnie odejście od żelaznych tradycji klasycznego ABT oraz za wprowadzenie do repertuaru eksperymentalnych dzieł młodych choreografów.