Michał Słowikowski.

W 1939 roku Niemcy aresztowali dyrektora i nauczycieli, zaś szkołę zamienili w koszary oraz szpital wojskowy.

„Biskupiak” wznowił działalność we wrześniu 1944 roku przy ulicy Ogrodowej 12, a wiosną 1945 otrzymał 5 pomieszczeń w dawnym gmachu. Dzięki interwencji biskupa lubelskiego Stefana Wyszyńskiego odzyskał połowę ostatniego piętra i strych. Mimo trudności, represji i zniszczeń wojennych chętnych uczniów przybywało z roku na rok.

W 1949 roku za zgodą Ministra Oświaty „Biskupiak” przyjął Nazwę Niższego Seminarium Duchownego. W latach 1949–1950 liczył 220 uczniów, a w 1951–1952 – 530.

Za czasów PRL-u szkołę (wtedy już Liceum Biskupie) nauczycieli i jej uczniów dotykały represje komunistyczne, skutkiem których było odebranie przywileju wydawania świadectw maturalnych.

W czerwcu 1962 roku, w ramach prowadzonej w całym kraju akcji, kurator oświaty chciał zamknąć Liceum Biskupie. Stykając się ze sprzeciwem Kościoła i rodziców zaniechał wtedy tych zamiarów. 24 lipca 1962, pod nieobecność nauczycieli i rodziców, urzędnicy z kuratorium wraz z oddziałami milicji zajęli „Biskupiaka”. Pomimo protestów dyrektora, ks. Słowikowskiego, w budynku wymieniono zamki, a klucze przekazano dyrektorowi szkół pedagogicznych.