Lubelskie Liceum Biskupie zostało zamknięte.
We wrześniu 1993 roku szkoła została reaktywowana za staraniem abpa Bolesława Pylaka. Wznowiła działalność po gruntownym remoncie, przyjmując statut szkoły katolickiej pod nazwą XXI Liceum Ogólnokształcącego im. św. Stanisława Kostki w Lublinie. Dyrektorem został ks. Krzysztof Kazimierz Targoński. Szkoła przyjmowała uczniów w formule szkoły koedukacyjnej.
Liceum mieści się przy ul. ks. Michała Słowikowskiego. 2 września 2004 r. Rada Miasta Lublina, na cześć dawnego dyrektora liceum, zmieniła nazwę ulicy Krzywej.
Na skutek reformy oświaty w 1999 roku w tym samym budynku utworzono w 2000 roku gimnazjum pod tą samą nazwą.
Przy szkole funkcjonuje internat, w którym mieszka ok. 60 uczniów szkoły.
W latach 1999–2005 funkcję dyrektora pełnił ks. Krzysztof Kłysiak, a dyrektorem od czerwca 2012 jest ks. Grzegorz Strug. Funkcję zastępców sprawują mgr Grzegorz Niećko oraz mgr Paweł Putowski.
Dyrektorzy ks. Zenon Kwiek (1923–1924) ks. Kazimierz Dąbrowski (1924–1926) ks. Antoni Poboży (1926–1933) bł. ks. Kazimierz Gostyński (1933–1935) ks. Michał Słowikowski (1935–1962) ks. kan. Krzysztof Targoński (1993–1999) ks. Krzysztof Kłysiak (1999–2005) ks. Mirosław Zając (2005–2012) ks. Grzegorz Strug (od 2012).