Natomiast obrońcy nie mogli liczyć na odsiecz, nie posiadali także dostatecznej ilości żywności niezbędnej do wykarmienia załogi i ludności, która szukała schronienia za murami twierdzy.
Dlatego już po 17 dniach zawarto korzystny dla obu stron układ o wypłaceniu przez Zamościan okupu. Za obietnicę talarów Chmielnicki zgodził się 12 listopada na zawieszenie broni. Tak więc debiut zamojskiej twierdzy nie wypadł zbyt okazale, przyniósł jednak sukces militarny w postaci zatrzymania zwycięskiego pochodu Kozaków. Pomógł także w wyeliminowaniu kilku błędów w przyszłości: rozwiązania problemu śluz i niewpuszczaniu do miasta zbyt dużej liczby ludzi.
Oblężenie w czasie potopu szwedzkiego Latem 1655 roku zamościan bardziej interesowały postępy wojsk kozacko-rosyjskich bezpośrednio zagrażających miastu, niż działania szwedzkie prowadzone w odległej Wielkopolsce. Ordynat Jan II Zamoyski, zresztą jak większość magnatów, paktował z najeźdźcą. Dopiero na przełomie listopada i grudnia 1655 roku stanowczo opowiedział się po stronie Jana Kazimierza.
thumb|left|Ocalałe fragmenty fortyfikacji Zamościa (bastion VII)