Niektórzy historycy przypuszczają, że jednym z powodów poparcia przez Zamoyskiego obozu królewskiego było planowane małżeństwo magnata z ulubioną dwórką królowej Marią Kazimierą d’Arquien, Marysieńką, przyszłą żoną króla Jana III Sobieskiego. Do tego ślubu rzeczywiście doszło w 1658 roku, a Maria Kazimiera poślubiła Sobieskiego dopiero po śmierci pierwszego męża w 1665 roku.
Jako stronnik króla Zamoyski musiał się liczyć z zagrożeniem ze strony Szwedów. Pojawiło się ono wkrótce, na początku 1656 roku, wraz z nadciągającą od Lublina armią feldmarszałka Douglasa. Wojska te stanęły pod Zamościem 25 lutego. Po paru dniach dołączył do nich sam Karol Gustaw. Rozpoczął się intensywny ostrzał murów, ale z uwagi na brak ciężkich dział nie przyniósł spodziewanych rezultatów i Szwedzi musieli 1 marca zwinąć oblężenie. Wieści o tych wydarzeniach obiegły lotem błyskawicy cały kraj, znalazły one również odbicie w licznych utworach literackich często wyolbrzymiających ich wagę. Znamienne, że o obronie Zamościa przed Szwedami napisał Henryk Sienkiewicz w Potopie. W 1657 roku do twierdzy zbliżył się jeszcze książę siedmiogrodzki Jerzy II Rakoczy, ale zdając sobie sprawę z jej potęgi nawet nie odważył się rozwinąć oblężenia.