...Nawałnica pierwszej wojny spadła na ziemię chełmińską trzy razy, w końcu r. 1242, i po dwakroć r. 1243, w samym początku roku i przed nieszczęśliwą dla Krzyżaków bitwą pod Rządzem, między Chełmnem i Grudziądzem. Pomezańczycy nacierali tak silnie, że tylko Radzyń Chełmiński, Chełmno i Toruń się oparły, wszystkie inne warownie zostały zdobyte[...]'''Kujot Stanisław, Kto założył parafie..., cz.2, s. 60, Toruń 1904.
W 1281 roku nastąpił kolejny najazd Prusów. Mimo to do końca XIII wieku Krzyżacy ukończyli budowę obronnego zamku na południowej części Kępy Fortecznej, zwanej Górą Zamkową. 18 czerwca 1291 roku w Lipienku mistrz krajowy Zakonu Meinhard z Kwerfurtu (Querfurtu) wystawił dla Grudziądza akt lokacyjny, regulujący prawnie jego granice i nadający mu prawa chełmińskie.
W latach 1286–1300 wybudowany został w stylu gotyckim kościół farny pw. św. Mikołaja. Parafia św. Mikołaja była jedyną parafią w średniowiecznym Grudziądzu, należały do niej również kościół i szpital św. Jerzego (zniszczony przez wielką powódź 15 września 1618), a także kościół św Ducha, wzmiankowany po raz pierwszy w 1345.