Stan ten przetrwał do 1813 roku.
Po zakończeniu wojen napoleońskich miasto było poważnie wyniszczone. Nastąpił spadek liczby mieszkańców do 4799 w 1817 roku, a straty oszacowano na 140 508 talarówDzieje Grudziądza, Praca zbiorowa pod red. prof. dr hab. J. Danielewicza, Grudziądzkie Towarzystwo Kultury, Grudziądz 1992.. W 1818 roku ustanowiono odrębny powiat grudziądzki. Dzięki temu powstały liczne urzędy rejonowe, np. sąd, komenda policji czy urząd miar. W I połowie XIX wieku wybrukowano część ulic, zaczynając w latach 1819–1822 od ul. Urzędowej (ob. Sikorskiego). Wypierano przy tym polskie instytucje, np. klasztor benedyktynek – ostatni katolicki klasztor w mieście siostry musiały opuścić w 1838 roku. Kontynuowano rozwój twierdzy, fortyfikując m.in. przedmoście po lewej stronie Wisły. Wkrótce Feste Courbiere, jak ją nazwano, stała się więzieniem, w którym osadzano m.in. Polaków internowanych po upadku powstania listopadowego. Założyli oni potem w Portsmouth Gromadę Grudziąż. mały|Grudziądz na widokówce z czasów zaborów W drugiej połowie XIX wieku Grudziądz stał się jednym z ważniejszych ośrodków przemysłowych w Prusach Zachodnich. Powstały tu odlewnia i emaliernia Herzfelda i Victoriusa w 1862 roku, a dwadzieścia lat później fabryka narzędzi rolniczych.