W 1923 w cerkwi św. Jana Klimaka (w jej dolnej części) został pochowany zamordowany metropolita warszawski Jerzy.
II wojna światowa Cerkiew, zwłaszcza jej część dolna, była niejednokrotnie schronieniem dla cywilnej ludności Warszawy w czasie jej obrony we wrześniu 1939.
5 sierpnia 1944, w czasie rzezi Woli, zginęli proboszcz parafii św. Jana Klimaka archimandryta Teofan (Protasiewicz) oraz jeden z jej kapłanów, ks. Antoni Kaliszewicz razem z rodziną. Oddziały niemieckie zamordowały również dzieci z prawosławnego sierocińca prowadzonego przez parafię, jego pracowników i kilkadziesiąt osób ukrywających się w dolnej części cerkwi: członków chóru parafialnego, kilkanaścioro prawosławnych wiernych oraz grupę mieszkańców domów w najbliższej okolicyA. Misijuk, Parafia prawosławna św. Jana Klimaka w Warszawie na Woli, ss. 183–184. Zbiorowy grób dzieci i personelu sierocińca znajduje się przy cerkwi od strony ulicy Wolskiej.
Po tych wydarzeniach cerkiew została opuszczona i pozostawała bez opieki do stycznia 1945. Żołnierze niemieccy jeszcze kilkakrotnie dopuścili się w niej aktów wandalizmu, ukradli również dzwonyP. Paszkiewicz, M. Sandowicz, Cmentarz prawosławny..., s. 18.