Wielokrotnie służyła jeszcze także jako kryjówka dla ludności cywilnej w czasie powstania warszawskiego.
Między styczniem i majem 1945 świątynią opiekował się ks. Eugeniusz Pietraszkiewicz, pod nadzorem którego dokonano usunięcia części wojennych zniszczeń obiektu.
Okres PRL Starania poprzednika kontynuował ks. Aleksander Czubuk-Podolski, który został nowym proboszczem parafii na Woli w końcu 1945 i który służył w niej do 1948. Na początku kolejnej dekady stan techniczny budynku cerkwi opisano jako dobry, wskazano jednak, że obiekt powinien zostać odremontowanyA. Misijuk, Parafia prawosławna św. Jana Klimaka w Warszawie na Woli, ss. 184–185..
W latach 50. na terenie cmentarza oraz przy chodniku ulicy Wolskiej ustawiono dwie tablice Tchorka upamiętniające ofiary rzezi Woli.