Ale w 1657 podczas kolejnego oblężenia Warszawy przez wojska Rakoczego, sprzymierzone ze szwedzkimi, i kiedy bliskie było zawarcie układów gwarantujących miastu i kościołom względne bezpieczeństwo (pisownia oryginalna):
Do klasztoru wrócili zakonnicy w 1660 i w pierwszej kolejności wybudowali sobie dom mieszkalny. Sumptem głównie Jana Wielopolskiego kasztelana wojnickiego, który przeznaczył na ten cel po 5000 złotych rocznie, ruszyła w 1663 odbudowa według projektu Giovanniego Gisleniego i przy udziale Tytusa Burattiniego. Trwała siedem lat. Kaplicę bł. Władysława z Gielniowa odnowiła rodzina Kretkowskich herbu Dołęga. Arcybractwo św. Anny odnowiło ołtarz patronki, nieznany jest fundator odnowy ołtarza głównego. Chór murowany i organy powstały za Augusta II. Twórcą organów był o. Antoni z Głogowy, zaś jego pomocnikiem Klemens z Sierpska i to jemu przypisuje się autorstwo instrumentu.
Studium generale varsaviense, seminarium bernardyńskie, w 1676 podniesiono do rangi studium primae classis, najwyższej w kraju.
W 1701 w ogrodzie klasztoru wybudowano łazienki.