Objawy i przebieg thumb|Hipertrofia barwnikowa siatkówki (CHRPE, ang. congenital hypertrophy of the retinal pigment epithelium) Głównym objawem są setki polipów gruczolakowatych różnej wielkości w okrężnicy i odbytnicy. U połowy pacjentów z FAP polipy są obecne w wieku 15 lat, a w wieku 35 lat u 95%. Oprócz tego może współistnieć polipowatość dna żołądka (ang. fundic gland polyps, FGP), polipy dwunastnicy i gruczolaki jelita cienkiego.
Na podłożu gruczolaków rozwijają się nowotwory złośliwe. Najczęstszym nowotworem w zespole polipowatości gruczolakowatej jest rak jelita grubego, którego ryzyko wynosi niemal 100%. U nieleczonych chorych rak jelita grubego powstaje przeciętnie w wieku 35 lat, a rzadko przed 20. rokiem życia.
Zespół powoduje powstawanie również innych nowotworów, z których najczęstszymi są rak brodawkowaty tarczycy i gruczolakorak jelita cienkiego.
Nowotwory złośliwe związane z FAP: rak tarczycy – najczęściej jest to rak brodawkowaty tarczycy, inne typy nowotworów złośliwych tarczycy są bardzo rzadkie, nowotwór w zespole FAP może występować z częstością od 0,6% do 6,1%. Zalecany jest stały nadzór na chorymi.
gruczolakorak jelita cienkiego – mnogie gruczolaki występują u 50–90% chorych, a u 3–5% chorych może rozwinąć się gruczolakorak.