II wojna światowa Po przystąpieniu Włoch do II wojny światowej zgłosił się ochotniczo do służby jako kapelan wojskowy. Decyzja ta była podyktowana chęcią towarzyszenia swoim młodym podopiecznym, spośród których wielu zgłosiło się lub zostało powołanych w szeregi armii. Wiosną 1941 roku jako kapelan w uczestniczył w wojnie grecko-włoskiej. W lipcu 1942 roku w szeregach znalazł się na froncie wschodnim. Gdy zimą 1942/43 roku włoska 8. Armia została rozgromiona przez Sowietów w walkach nad Donem, ks. Gnocchi wraz z jej niedobitkami był zmuszony pokonać kilkusetkilometrową trasę odwrotu na zachód. Bliski śmierci z zimna i wyczerpania został uratowany przez jednego z oficerów.

Powróciwszy do ojczyzny, podjął się opieki nad wdowami i sierotami po poległych towarzyszach broni. Po upadku reżimu Mussoliniego i rozpoczęciu niemieckiej okupacji Włoch związał się z chadeckim odłamem antyfaszystowskiego ruchu oporu. Współpracował z partyzantką, pomagał Żydom i osobom poszukiwanym przez Gestapo w ucieczce na terytorium neutralnej Szwajcarii. W październiku 1944 roku został aresztowany przez Niemców, lecz po dziesięciu dniach wyszedł na wolność dzięki interwencji arcybiskupa Mediolanu, kardynała Alfreda Ildefonsa Schustera.