Z drugiego związku, w 1775, urodził się jego syn, Giulio.
W latach 1778–1794 zajmował różne i coraz bardziej odpowiedzialne stanowiska administracyjne, od bicia monety, po organizację szkół podstawowych, regulację handlu, rolnictwa i przemysłu. Zajmował się również proponowaną reformą systemu karnego (projekt Kodeksu karnego dla Lombardii, na wzór kodeksu austriackiego z 1787), w ramach której miała być zlikwidowana karę śmierci (ostatecznie reformy nie wprowadzono).
thumb|Pomnik Cesarego Beccarii w Mediolanie.
W ostatnich latach życia chorował. Zmarł nagle, w 1794, prawdopodobnie na tętniaka serca. Jego sława w Europie już przygasła. Pietro Verri wniósł do rady miasta Mediolanu wniosek o upamiętnienie go popiersiem, jednak nie spotkał się on z uznaniem. Pomnik Beccarii wzniesiono w Mediolanie w 1871.
Dzieło Beccaria jest czołowym przedstawicielem oświecenia we Włoszech, najbardziej znanym ze swoich prac na temat prawa, jednak publikował także liczne prace na temat ekonomii politycznej i polityk publicznych.