W 1634 r. książę Bogusław XIV w ramach zaległych uposażeń profesorów, zapisał uniwersytetowi grunty Eldeny (14 tys. ha), przez co uczelnia należała do największych posiadaczy majątków ziemskich spośród uniwersytetów.
Od czasu pokoju westfalskiego z 1648 r. Pomorze Przednie wraz z uniwersytetem należały do Szwecji, tylko przejściowo, w latach 1715–1720 przechodząc pod duńskie panowanie. W szczególności pod koniec XVIII w. uczelnia odgrywała rolę pomostu kulturowego pomiędzy Szwecją i Niemcami. Ponad 1500 Szwedów studiowało tu lub pracowało jako naukowcy. Jednym z nich był Thomas Thorild (1795–1808). W latach 1747–1750 powstał budynek główny uniwersytetu przy Domstrasse, któremu profesor matematyki, , nadał styl północnoniemieckiego późnego baroku. W budynku mieści się piękna aula, która dawniej odgrywała rolę biblioteki.
W okresie przynależności Greifswaldu do Szwecji postulowano przeniesienie uczelni do Szczecina, jednak nie zdecydowano się na to.