4 września 1948 została aresztowana w Nakle i przewieziona do mokotowskiego więzienia, gdzie poddano ją czteromiesięcznemu okrutnemu śledztwu. 28 grudnia 1948 wojskowy Sąd Rejonowy, realizując stalinowskie dyspozycje Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego skazał ją na śmierć, a Sąd Najwyższy utrzymał wyrok w mocy. Przez następne dni Emilia oczekiwała wykonania wyroku, ale ówczesny prezydent Bolesław Bierut, biorąc pod uwagę fakt, iż krótko przed aresztowaniem urodziła swoje drugie dziecko, złagodził wyrok zamieniając karę śmierci na 15 lat więzienia. Wyrok ten odbywała m.in. w ciężkim więzieniu dla kobiet w Fordonie, gdzie przeszła też poważną operację.
Emilia Szlachta wyszła na wolność po politycznej „odwilży” w roku 1956, nadal jednak – aż do końca lat 80. – pozostając osobą uznawaną przez władze za nieprawomyślną, stale obserwowaną i inwigilowaną. Po wyjściu na wolność próbowała się wraz z mężem osiedlić w Dębicy, ale tamtejsze władze utrudniały jej to, piętrząc trudności podczas budowy własnego domu.