Chociaż każda z metod ma swoje słabe i mocne strony, wszystkie trzy metody dopasowań par sekwencji mają trudności z silnie repetytywnymi sekwencjami o niskiej ilości informacji – szczególnie gdy ilość powtórzeń w obu sekwencjach jest różna. Jednym ze sposobów wyrażania ilościowego użyteczności danego dopasowania pary sekwencji jest 'maximum unique match', czyli najdłuższa podsekwencja, która występuje w obu dopasowywanych sekwencji. Dłuższe zazwyczaj odzwierciedlają bliższe pokrewieństwo.
Metody dot-matrix thumb|DNA dot plot ludzkiego czynnika transkrypcyjnego zawierającego motyw palca cynkowego (GenBank ID NM_002383), wykazującego rejonowe samopodobieństwo. Główna przekątna przedstawia dopasowanie sekwencji do siebie samej; linie poza nią przedstawiają podobne lub repetetywne wzorce w obrębie sekwencji.
Dot-matrix, dostarczająca rodzinę dopasowań dla poszczególnych rejonów sekwencji, jest prostym podejściem jakościowym, jednak analiza wyników na dużą skalę jest czasochłonna. Pewne cechy sekwencji – insercje, delecje, powtórzenia proste czy odwrócone – są łatwo dostrzegalne na graficznej wizualizacji dot-matrix. Konstruując taką wizualizację zapisujemy nasze dwie sekwencje, odpowiednio, w pierwszym wierszu i pierwszej kolumnie dwuwymiarowej macierzy.