Premier po raz trzeci i czwarty W wyborach z czerwca 2002 Sojusz Narodowy zajął pierwsze miejsce, zdobywając 19 mandatów w 109-osobowym Parlamencie Narodowym. Michael Somare jako lider największego ugrupowania stworzył rząd koalicyjny i 5 sierpnia 2002 objął po raz trzeci stanowisko premiera.
W czasie jego rządów doszło do dwóch istotnych konfliktów między Papuą-Nową Gwineą a Australią. Pierwszy raz w marcu 2005, gdy premier Somare w porcie lotniczym Brisbane w Australii został zmuszony przez pracowników ochrony do ściągnięcia butów w czasie rutynowej kontroli. Doprowadziło to do ochłodzenia wzajemnych relacji dyplomatycznych, masowych protestów w Port Moresby oraz żądań przeprosin dla szefa rządu"PNG rally against Australia’s treatment of PM Somare", rnzi.com, 31 marca 2005..
thumb|240px|Michael Somare podpisujący Forests Now Declaration, listopad 2007 Jesienią 2006 doszło do poważniejszego sporu, kiedy to 29 września 2006 w Port Moresby został zatrzymany Julian Moti, były prokurator generalny Wysp Salomona, którego władze australijskie ścigały za wykorzystanie seksualne dzieci na Vanuatu.