Po wkroczeniu Armii Czerwonej na Lubelszczyznę, w związku z brakiem łączności z Komendą Główną AK doprowadzono do powstania Tymczasowej Rady Politycznej Ziem Wschodnich oraz Komendy Ziem Wschodnich NSZ, obejmującej okręgi: Lublin, Podlasie i Rzeszów. Tadeusz Zieliński został trzecim z kolei komendantem Ziem Wschodnich – już w stopniu podpułkownika. Był to okres tworzenia się nowej organizacji konspiracyjnej pod nazwą Narodowe Zjednoczenie Wojskowe. Od lutego do lipca 1945 pełnił równocześnie funkcję komendanta Okręgu XVI i KZW NSZ. Wydał wówczas rozkaz do przeprowadzenia antyukraińskiej akcji „Za Bugiem”. Komenda Ziem Wschodnich z dniem 6 lipca 1945 została rozwiązana, a zamiast niej powołano Obszar II NZW, na czele którego stanął komendant ppłk Tadeusz Zieliński.
18 marca 1946 został aresztowany przez władze bezpieczeństwa w Warszawie. Osadzony w więzieniu mokotowskim, przeszedł niezwykle ciężkie, trwające ponad półtora roku, śledztwo prowadzone przez osławionego płk. Józefa Różańskiego.