Po powrocie z Berlina osiadł w 1827 w Kaliszu i zamieszkał w domu przy ulicy Warszawskiej (ob. Zamkowa). Jako lekarz wojskowy w czasie powstania listopadowego Helbich leczył Kazimierza Asnyka, ojca Adama Asnyka, z którym się zaprzyjaźnił i którego później sprowadził do Kalisza, a w 1838 podawał przyszłego poetę (który w dowód wdzięczności rodziny Asnyków otrzymał po nim pierwsze imię) do chrztu. Awansowany na lekarza dywizyjnego (w czasie bitwy pod Grochowem, w lazarecie polowym wykonał 22 amputacje) otrzymał Order Virtuti Militari IV klasy. Po upadku powstania Helbich powrócił do Kalisza i w 1835 objął stanowisko dyrektora Szpitala Głównego (Szpitala św. Trójcy), prowadząc jednocześnie prywatną praktykę lekarską. W Kaliszu miał pozostać do roku 1841.
Po przeniesieniu się do Warszawy zamieszkał na ul. Długiej i dalej prowadził prywatną praktykę lekarską, będąc znanym z tego, że ubogich leczył za darmo. W 1847 założył wspólnie z Natansonem i Le Brunem pierwsze czasopismo lekarskie w Królestwie Polskim, Tygodnik Lekarski, w którym umieścił z biegiem lat około 80 artykułów. Jednocześnie był aktywnym wolnomularzem, członkiem loży „Szkoła Równości” w Lublinie.