Sezon 2006 thumb|200px|left|David Nalbandian podczas US Open, 2006 Sezon 2006 Argentyńczyk rozpoczął od półfinału w Australian Open. Mecz o finał przegrał z Markosem Pagdatisem 6:3, 7:5, 3:6, 4:6, 4:6. W Indian Wells dotarł do IV rundy, a w Miami awansował do półfinału. Po roku przerwy powrócił na turniej w Monte Carlo dochodząc do III rundy. W maju, po raz drugi w karierze zatriumfował w Estoril, pokonując w finałowym pojedynku Nikołaja Dawydienkę 6:3, 6:4. Start w Rzymie Nalbandian zakończył na półfinale przegrywając mecz o finał z Federerem 3:6, 6:3, 6:7(5).
W wielkoszlemowym French Open Argentyńczyk dotarł do półfinału, w którym nie sprostał Federerowi. W Wimbledonie doszedł do III fazy rozgrywek, a w US Open do II rundy. W Madrycie uzyskał półfinał, a w meczu o finał ponownie nie sprostał Federerowi przegrywając 4:6, 0:6.
Swój trzeci start w końcoworocznym Tennis Masters Cup ukończył na drugim miejscu w grupie. W półfinale zmierzył się z Jamesem Blakiem, lecz ostatecznie Amerykanin pokonał Nalbandiana 6:4, 6:1.
Rok 2006 zakończył na 8. miejscu.
Sezon 2007 – tytuły ATP Masters Series W Australian Open i French Open Argentyńczyk dochodził do IV fazy rozgrywek. Wimbledon ukończył na III rundzie podobnie jak i US Open.