Jesienią wygrał halowy turniej ATP Masters Series w Madrycie, eliminując m.in. w ćwierćfinale Rafaela Nadala i w półfinale Novaka Đokovicia. W finale pokonał Rogera Federera 1:6, 6:3, 6:3. W ten sposób został pierwszym tenisistą, który zwyciężył z Nadalem, Đokoviciem i Federerem w jednym turnieju. Kilka tygodni później dotarł do kolejnego finału imprezy ATP Masters Series, tym razem w Paryżu. Wcześniej wyeliminował Federera, a w finale, w dwóch setach pokonał Nadala 6:4, 6:0.
Sezon zakończył na 9. miejscu w rankingu światowym.
Sezon 2008 thumb|150px|David Nalbandian podczas turnieju w Paryżu, 2008 Na początku roku wystartował w Australian Open, w którym odpadł w III rundzie. W Buenos Aires dotarł do finału, a w meczu o tytuł pokonał José Acasuso 3:6, 7:6(5), 6:4. Drugi finał w 2008 roku zagrał tydzień później, w Acapulco, turnieju rangi ATP International Series Gold. Decydujący pojedynek ostatecznie przegrał z Nicolásem Almagro 1:6, 6:7(1). W Indian Wells uzyskał ćwierćfinał, a w Miami II rundę. Na ceglanych kortach w Monte Carlo awansował do ćwierćfinału. Z turnieju w Rzymie odpadł w II fazie rozgrywek.