Plan działania Korpusu zakładał zdobycie Gdańska szybkim wypadem z rejonu Skarszewy – Starogard. Oddziały miały rozpoczynać działania w miarę przetransportowywania w rejony wyjściowe. Miało to zapewnić natychmiastową reakcję w razie naruszenia status quo w Gdańsku. Natarcie miało przebiegać po osi: Skarszewy – Kolbudy – Wrzeszcz (siłami 27 DP wzmocnionej 1 bcz).
30 sierpnia 1939, w związku ze zmianą sytuacji politycznej podjęta została decyzja o zaniechaniu interwencji i rozwiązaniu korpusu.
31 sierpnia 1939 o godz. 8.50 płk dypl. dr Ignacy Izdebski, I oficer Inspektoratu Armii w Toruniu (szef sztabu Armii „Pomorze”) odebrał z GISZ telefonogram o treści „Kwatera Główna Korpusu, elementy pozadywizyjne korpusu i 13 DP otrzymały rozkaz załadowania i odchodzą do dyspozycji NW. 27 DP oddano do dyspozycji dowódcy armii. Gen. Skwarczyński ze ścisłym sztabem zamelduje się jak najszybciej w Naczelnym Dowództwie.”
1 września 1939 zgodnie z otrzymanym rozkazem 13 DP i 1 bcz zostały skierowane do rejonu koncentracji Armii „Prusy” natomiast Gen. Skwarczyński udał się do marszałka Śmigłego, który zamierzał powierzyć mu dowództwo nad swym północnym odwodem.