W Sejmie RP IV kadencji był ekspertem Sejmowej Komisji ds. Służb Specjalnych oraz Komisji śledczej ds. PKN Orlen z ramienia ugrupowań opozycyjnych. Współpracował z posłem Prawa i Sprawiedliwości Zbigniewem Wassermannem. Według informacji części mediów w 2000 Nowek jako szef UOP miał nie wydać ówczesnemu prokuratorowi Wassermannowi certyfikatu dostępu do informacji niejawnych, blokując w ten sposób jego powołanie na stanowisko prokuratora krajowego. Wassermann, który po zwycięstwie PiS w wyborach w 2005 objął funkcję ministra koordynatora służb specjalnych, zaprzeczył jednak jakoby nie otrzymał od UOP certyfikatu, dementując jednocześnie pogłoski o konflikcie między nim a Nowkiem.
thumb|Szef Agencji Wywiadu Zbigniew Nowek (2. z lewej) w towarzystwie prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego (w środku) i ministra obrony narodowej Radosława Sikorskiego (po prawej), po nominacji na stopień generała brygady (2006)
22 listopada 2005 Nowek został powołany przez Prezesa Rady Ministrów Kazimierza Marcinkiewicza na stanowisko szefa Agencji Wywiadu. 15 sierpnia 2006 został awansowany na stopień generała brygady przez prezydenta RP Lecha Kaczyńskiego. 22 stycznia 2008 premier Donald Tusk rozpoczął procedurę odwołania go z funkcji. 5 marca gen. bryg.