Kolejne płyty nagrywał z różnymi składami. Ostatnią jest płyta DVD z 2006 Rzeka Dzieciństwa – 60 urodziny z zapisem koncertu, który odbył się 22 listopada 2003 w Hali Podpromie w Rzeszowie. Ostatnim wydawnictwem, które ukazało się za życia artysty był wydany 2 października 2006 box pt. Tadeusz Nalepa 1992-2002, który składa się z reedycji 13 albumów z całego okresu kariery muzyka, w tym płyt: Śmierć Dziecioroba (muzyka do filmu o takim samym tytule, za którą Nalepa otrzymał w 1991 Nagrodę Specjalną Jury na XVI Festiwal Polskich Filmów Fabularnych) i Poznań-Giełda-Live (zawarte na tej płycie nagrania po raz pierwszy ukazały się w 1985 na kasecie magnetofonowej pt. Tadeusz Nalepa). Do boxu została dodana obszerna książeczka zawierająca opowieść o życiu muzyka spisana przez Tomasza Paulukiewicza.
Ostatnie trzy lata życia grał ze szczecińską grupą Free Blues Band Andrzeja Malcherka, w tym składzie zagrali ostatni koncert w życiu artysty: 12 sierpnia 2006 w Trzyńcu w Czechach.