Na pogodę Cotopaxi wpływa położenie w północnych Andach, a sam wulkan należy do pasa ognia otaczającego Ocean Spokojny. W okresach erupcyjnych szczególnie niebezpieczne są lahary, czyli spływy błotno-gruzowe powstające wskutek topnienia pokrywy lodowej i mobilizacji materiału wulkanicznego. To właśnie one wielokrotnie niszczyły osiedla i infrastrukturę w dolinach odwadniających masyw.
Historia erupcji Cotopaxi należy do najbardziej aktywnych wulkanów Ekwadoru. Według zestawień Smithsonian Institution jego historycznie poświadczona aktywność obejmuje dziesiątki erupcji, a pierwszą udokumentowaną erupcję odnotowano w 1534 roku. Warstwę popiołu wiązaną z wczesnonowożytną aktywnością Cotopaxi zidentyfikowano także w osadach jeziornych Parku Narodowego Cajas na południu Ekwadoru. Do najgwałtowniejszych wydarzeń historycznych zalicza się erupcje z 1742, 1744, 1768 i 1877 roku.
Erupcje z 1744 i 1768 roku zniszczyły kolonialną Latacungę, a erupcja z 26 czerwca 1877 roku doprowadziła do spłynięcia potoków piroklastycznych i wielkich laharów na wszystkie strony masywu. Spływy te przebyły ponad 100 km, docierając zarówno ku zlewisku Pacyfiku, jak i ku zachodniej części dorzecza Amazonki.