Właśnie w 1922 Kotwicz otrzymał równocześnie dwa zaproszenia do Polski: z Uniwersytetu Jagiellońskiego w Krakowie i z Uniwersytetu Jana Kazimierza (= UJK) we Lwowie. Oba te uniwersytety postanowiły bowiem zupełnie niezależnie od siebie zaprosić go do Polski. Kotwicz wybrał Lwów, przypuszczalnie dlatego, że władze rektorskie UJK nosiły się z zamiarem utworzenia dużego Instytutu Orientalistycznego, tak że ta propozycja wydawała się bardziej perspektywiczna.

Po załatwieniu wszystkich formalności Kotwicz przybył do Lwowa w 1924 i podjął tu od razu pracę jako kierownik utworzonej dlań Katedry Filologii Dalekiego Wschodu.

W tym samym czasie powstało Polskie Towarzystwo Orientalistyczne, a na jego przewodniczącego wybrano właśnie Kotwicza, który funkcję tę pełnił do śmierci. W 1927 został też redaktorem naczelnym Rocznika Orientalistycznego. W 1932 założył serię Collectanea Orientalia, którą sam finansował (do 1939 ukazało się 16 zeszytów; po wojnie nie było kontynuacji).

Przez wiele lat po wojnie Kotwicza uważano za wybitnego ałtaistę przekonanego o wspólnej genezie języków ałtajskich.