Wzrost rządów autorytarnych w kraju wpłynął na ograniczenie wolności akademickiej i niezależności uczelni. Kulminacją narastających konfliktów społecznych był rok 1980 kiedy powstał Niezależny Samorządny Związek Zawodowy „Solidarność”. We wrześniu tego roku na poznańskiej Akademii Medycznej zorganizowano zebranie pracowników i przeprowadzono pierwsze wybory pracowniczej organizacji związkowej. Konsekwencją tych wydarzeń była demokratyzacja uczelni. Przeprowadzono wtedy wolne wybory do władz Akademii, a 15 grudnia 1981 roku Senat podjął decyzję o nadaniu uczelni imienia Karola Marcinkowskiego (usankcjonowana przez parlament PRL dopiero 26 stycznia 1984 roku). Niestety wprowadzenie stanu wojennego i położyło kres autonomii ośrodków akademickich.
Uczelnia po 1989 roku Okres od 1989 roku, to czas bardzo aktywnej polityki naukowo-dydaktycznej i organizacyjnej. Dzięki temu już w 1992 roku powołano kolejny wydział – Wydział Medyczny – który wkrótce przekształcono w Wydział Lekarski II. W skład nowego Wydziału weszły: Oddział Kształcenia Podyplomowego i Oddział Kształcenia w Języku Angielskim, kształcący jako pierwszy w Polsce studentów anglojęzycznych, początkowo głównie z USA.