Dotychczasowy Wydział Lekarski został nazwany Lekarskim I, a Wydział Pielęgniarstwa ostatecznie w 1998 roku przekształcono w Wydział Nauk o Zdrowiu.
27 lutego 2007 roku Akademia Medyczna im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu, jako pierwsza uczelnia medyczna w Polsce, uzyskała status uniwersytecki przekształcając się w Uniwersytet Medyczny im. Karola Marcinkowskiego w Poznaniu. W 2019 roku Wydział Lekarski I zmienił nazwę na Wydział Lekarski, a Wydział Lekarski II na Wydział Medyczny. Powołano trzy Kolegia Nauk – Nauk Medycznych, Nauk Farmaceutycznych, Nauk o Zdrowiu oraz Szkołę Doktorską. Władze rektorskie Kadencja 2024–2028Władze rektorskie: rektor – prof. dr hab. Zbigniew Krasiński prorektor ds. klinicznych – prof. dr hab. Marek Ruchała prorektor ds. promocji i organizacji – dr hab. Justyna Gornowicz-Porowska, prof. UMP prorektor ds. nauki – prof. dr hab. Michał Nowicki prorektor ds. dydaktyki – prof. dr hab. Dorota Zozulińska-Ziółkiewicz prorektor ds. studenckich – dr hab. Jakub Żurawski mały|Centrum Kongresowo-DydaktyczneKadencja 2020–2024: rektor – prof. dr hab. Andrzej Tykarski prorektor ds. nauki i współpracy z zagranicą – prof. dr hab. Michał Nowicki prorektor ds. studenckich – prof. dr hab. Edmund Grześkowiak prorektor ds. dydaktyki – prof. dr hab. Małgorzata Kotwicka prorektor ds.