Projekt się nie udał i Becher został zwolniony w 1664 r. Jeszcze w tym samym roku wyjechał do Monachium, gdzie na koszt bawarskiego rządu zorganizował chemiczne laboratorium. Został też osobistym medykiem kurfirsta bawarskiego. Mając poparcie Albrechta, księcia Zinzendorf, prezesa rady ministrów i wielkiego szambelana imperatora Leopolda I został radcą dworu wiedeńskiego. Był też członkiem kolegium do spraw skarbu, układał plany budowy rządowych manufaktur oraz założenia austriacko-niderlandzkiego towarzystwa handlowego (jak poprzednio, celem był handel z Ameryką Południową). Reprezentując swych mocodawców w 1676 r. przebywał w Monachium, później w Würzburgu, w 1678 r. był w Haarlemie. Podczas dziesięciodniowego pobytu napisał tam Methodus Didactica. Na prośbę księcia Ruperta Reńskiego udał się do Anglii, by zapoznać się z organizacją wielkich przedsiębiorstw wydobywczych. Zwiedził najpierw kopalnie szkockie, a następnie kornwalijskie. Na początku 1680 r. w Brytyjskim Towarzystwie Królewskim podjął bezskuteczne starania o pozbawienie Huygensa honoru pierwszeństwa zastosowywania wahadła do pomiaru czasu. Przez jakiś czas był też asystentem Boyla. Ostatnią jego publikacją była Chymischer Glücks-Hafen, Oder Grosse Chymische Concordantz Und Collection, Von funffzehen hundert Chymischen Processen.