Joseph Nieuwendyk porzucił ostatni rok na uniwersytecie, by przejść na zawodowstwo. Łącznie w 81 meczach z Cornell zdobył 73 gole i 151 punktów. Numer 25, z którym występował w drużynie uniwersyteckiej, został zastrzeżony w 2010, dzieląc z numerem 1 Kena Drydena zaszczyt zastrzeżenia numerów pierwszy raz w historii Uniwersytetu Cornella. W 2011 roku znalazł się wśród 50 najlepszych zawodników w historii ECAC.
Calgary Flames (1987–1995) 10 marca 1987 Joseph Nieuwendyk zadebiutował w NHL – w meczu z Washington Capitals zdobył wówczas swoją pierwszą bramkę w lidze (bramkarz Caps, Pete Peeters był bezsilny). Wystąpił w 9 meczach sezonu zasadniczego 1986–87, strzelając 5 bramek i notując 1 asystę, oraz w 6 meczach fazy play-off. W pierwszym pełnym sezonie 1987–88 Nieuwendyk zwrócił na siebie uwagę mediów dzięki 32 bramkom w pierwszych 42 meczach, przez co był na dobrej drodze do poprawienia debiutanckiego rekordu 53 bramek Mike'a Bossy'ego. Sezon zakończył z 2 bramkami mniej, ale z liczbą 51 był najskuteczniejszym zawodnikiem w Calgary Flames i dopiero drugim rookie w historii NHL z co najmniej 50 bramkami w jednym sezonie.