Po śmierci króla Macieja Korwina wybuchła wojna domowa. W związku z nią w 1491 roku kościół został poważnie uszkodzony podczas oblężenia Koszyc przez przyszłego króla Polski Jana Olbrachta, który ostrzelał miasto artylerią. Naprawami kierował następnie pochodzący z Nysy mistrz budowlany i kamieniarz Mikołaj Krompholz, działający pod nadzorem Wacława z Pragi. Prace trwały do początku XVI wieku, a rok 1508 tradycyjnie uznawany jest za datę ostatecznego zakończenia średniowiecznej budowy świątyni. W świetle nowszych badań data ta nie oznacza jednak wzniesienia od podstaw obecnego prezbiterium, lecz raczej zakończenie ostatnich robót i napraw po ponad stuletnim procesie budowy kościoła. Według zachowanych inskrypcji na gzymsie zachodniej fasady, prace naprawcze datowane są na lata 1496–1498. W latach 1496–1497 naprawiono Wieżę Zygmuntowską, dach i szczyty. Wieża otrzymała zegar.