Zmarł w 1988 z powodu przedawkowania heroiny, parę dni przed drugą wycieczką do Wybrzeża Kości Słoniowej, którą zaplanował z iworyjskim artystą Ouattarą Wattsem. Został pochowany na Greenwood Cemetery w Brooklynie. thumb|Grób Jeana-Michela Basquiata Z powodu zgonu w wieku zaledwie 27 lat jest zaliczany do tzw. klubu 27.
Życie prywatne Jean-Michel Basquiat był osobą biseksualną, chociaż nigdy publicznie nie zadeklarował swojej orientacji seksualnej. Prawdopodobnie najbardziej znanym związkiem artysty był związek z piosenkarką Madonną, z którą rozstał się po kilku miesiącach. Po rozstaniu z Madonną Basquiat postanowił odebrać wszystkie obrazy, które jej podarował, i pomalować je na czarno, ponieważ miał obsesję na punkcie tego, że Madonna mogłaby je sprzedać. Handlarz dziełami sztuki Larry Gagosian stwierdził, że Basquiat w rozmowie z nim przewidział, że Madonna będzie sławnaBrant, Peter M. (November 27, 2012). "Larry Gagosian". Interview..