Okres azjatycki Ksenofont przyjął propozycję Proksenosa i na początku roku 401 opuścił Ateny i przyłączył się do ok. 13 tys. Greków na służbie u Cyrusa Młodszego. W tym czasie Cyrus wypowiedział bratu-królowi Artakserksesowi II wojnę o perski tron, w której brał udział Ksenofont. Pod Kunaksą w pobliżu Babilonu doszło do decydującego starcia. Wojska królewskie przegrały bitwę, ale Cyrus zginął w walce. Wodzowie greccy zostali zamordowani w wyniku podstępu, a żołnierze perscy Cyrusa przeszli na stronę królewską. Najemnikom greckim groziło niebezpieczeństwo w obcym kraju. Postanowili wrócić do domu. Ksenofont, jako dowodzący tyłami, brał udział w słynnym odwrocie (tzw. marsz dziesięciu tysięcy). Droga powrotna liczyła tysiąc mil, wiodła przez pustynie i góry Armenii aż do Morza Czarnego.