Budowa lewo|mały|Ubarwienie futra dorosłego tapira czaprakowego lewo|mały|Młody osobnik tapira czaprakowego Długość ciała (bez ogona) od 180–250 do 300 cm, długość ogona krótsza niż 10 cm, wysokość w kłębie 100–130 cm. Masa ciała od 250–280 do 400–540 kg. Występuje dymorfizm płciowy – samice są większe i cięższe od 20 do 100 kg od samców. Tapir czaprakowy jest największym z czterech współcześnie żyjących gatunków tapirów; w rzeczywistości jest jednym z największych roślinożerców lasów deszczowych Azji Południowo-Wschodniej, a pod względem wielkości przewyższają go jedynie dzikie gatunki bydła, nosorożce i słonie.
Tapiry czaprakowe są solidnie i masywnie zbudowane, z zaokrąglonym ciałem z tyłu i zwężającym się z przodu oraz z wydatną, chwytną trąbą utworzoną przez wydłużony nos i górną wargę, dłuższą niż u innych tapirów. Charakterystyczną cechą tapirów czaprakowych jest ich ubarwienie futra – dorosłe osobniki mają czarną przednią częścią ciała, z białymi bokami i czarnymi tylnymi nogami;