biały kolor futra zaczyna się za przednimi nogami i rozciąga się przez tył do ogona i wyglądem przypomina czaprak. Tak kontrastowe ubarwienie tworzy zakłócający wzór, który zlewa zwierzę z otoczeniem i utrudnia drapieżnikom rozpoznanie go jako potencjalnej ofiary. Na Sumatrze i w Malezji za pomocą fotopułapek sfotografowano całkowicie czarne osobniki. Chociaż tapiry czaprakowe nie mają grzebienia spotykanego u tapirów amerykańskich, skóra z tyłu głowy i karku ma prawie od 2 do 3 cm grubości, prawdopodobnie w celu ochrony przed kłami drapieżników. Owalne, stojące uszy otacza białe futro. Oczy są małe, okrągłe i mało ruchliwe. Trąba tapira czaprakowego jest dłuższa i silniejsza niż u jego mezoamerykańskich krewnych. Tapiry czaprakowe mają cztery palce na przednich łapach i trzy na tylnych łapach, z których każdy kończy się kopytem. Czwarty palec każdej z przednich stóp nie dotyka ziemi, więc odciski stóp pokazują odciski trzech palców. Nowo narodzone i młode tapiry czaprakowe mają na futrze podłużne paski i blade plamy;