biały „czaprak” zaczyna się pojawiać dopiero po około 70 dniach. Ostatnie resztki młodzieńczych pręg całkowicie znikają po około 5–6 miesiącach życia.
thumb|Czaszka tapira czaprakowego Czaszka, dość okrągła, baryłkowata, ma bardzo wysoką koronę. Kości nosowe wyłaniają się wysoko ponad dno jamy nosowej, są krótsze i grubsze niż u koni, z większym otworem apertura cavum nasi. Profil grzbietowy, od nosa do potylicy, jest prosty; górne linie skroniowe nie spotykają się, a znajdująca się między nimi płyta grzbietowa jest niska i szeroka; potylica jest szeroka i pionowa. Podobnie jak u gatunków z rodzaju Tapirus, chrzęstna przegroda nosowa jest mała i znajduje się w szczelinie pomiędzy dwoma szczękami. Wgłębienia grzbietowe nosa tworzą głębokie, szerokie kanały, które są przedłużone z powrotem do przednich kości jako para bocznych, spiralnych zwojów. Widoczny jest guzek czołowo-łzowy. Oczodół jest otwarty z powodu braku łuku jarzmowego. Występuje grzebień strzałkowy stanowiący miejsce przyczepu mięśnia skroniowego.