Podczas walki dochodzi do rozbicia berła ciemności w którym była zamknięta istota o imieniu Mephiles.

Przypominający wyglądem Shadowa Mephiles otwiera portal czasoprzestrzenny i przenosi Shadowa oraz Rouge do świata przyszłości stojącego na krawędzi zagłady. Tam spotykają oni wysłanych do przyszłości przez Eggmana Sonica, Tailsa i Knucklesa. Sonic i Shadow dochodzą do wniosku, że aby wrócić do teraźniejszości potrzebują dwóch Szmaragdów Chaosu. Podczas poszukiwań natrafiają na Iblisa, ognistego potwora, którego udaje się im pokonać. Shadow jako jedyny postanawia zostać, aby zmierzyć się z Mephilesem. Mephiles próbuje przekonać Shadowa, że prawdziwym jego wrogiem są ludzie, którzy umieszczą go w przyszłości w energetycznym więzieniu, w przeciwieństwie do poprzedniej odsłony gry Shadow nie dowierza swojemu rozmówcy, co sprawia, że Mephiles przyjmuje swoją drugą formę w której atakuje Shadowa. Podczas starcia temu ostatniemu przychodzi z pomocą E-123 „Omega” (podobnie jak w Shadow the Hedgehog), który po powrocie do teraźniejszości podąża za Mephilesem, podczas gdy Shadow próbuje się o nim dowiedzieć czegoś więcej.